Historia pierwszego kościoła w Opatowie sięga 1040 roku. W tym bowiem roku biskup krakowski Racheli, z pochodzenia Włoch, za panowania Kazimierza Mnicha, w lasach nad rzeką Łukawką (dzisiejsza Opatówka) wzniósł kościół drewniany, przy którym z okolicznych wsi utworzył parafię. Poświęcił go Polak bp Lambert Zula. W 100 lat później około 1140 roku Piotr Dunin, hrabia na Skrzyninie, przybył do Polski, za panowania Bolesława Krzywoustego, na miejscu drewnianego kościoła wzniósł nowy kościół z ciosu. Jakie były losy tego kościoła - nie wiadomo. Dochowała się tylko informacja, że w 1326 roku pełnił funkcję parafii dla okolicznych mieszkańców.
Fundację klasztoru OO. Bernardynów w Opatowie zapoczątkował w 1467r. bp lubuski Krzysztof Fryderyk. Włąścicielami miasta Opatowa z okręgiem byli na podstawie przywileju Henryka Brodatego z 1237r. biskupi Lubosza. Oddał on bernardynom kościół parafialny Wniebowzięcia NMP, położony na przedmieściu Opatowa, zwanym Żmigród. Poważną rolę w inspirowaniu i organizowaniu darowizny na rzecz bernardynów miał sekretarz króla Kazimierza Jagielończyka Jana Tarło, który "przyjąwszy habit zakonny, cnotliwego i czynnego życia dokonał na górze Syjon w Jerozolimie dnia 20 czerwca 1489 roku". Bernardyni opatowscy od poczatku cieszyli się poparciem i sympatią nie tylko ze strony króla Kazimierza Jagielończyka i bpa krakowskiego Jana Rzeszowskiego, ale również mieszkańców miasta i okolicznej szlachty, zwłaszcza wojewody krakowskiego Dziersława z Rytwian i jego brata Jana z Rytwian, kasztelana sandomierskiego, a zarazem marszałka koronnego.

Dnia IV 1470 r., w uroczystość SS. Apostołów Filipa i Jakuba, nastąpiło oficjalne wprowadzenie bernardynów na nową fundację, w procesji z kolegiaty Św. Marcina. Do końca XV wieku bernardyni rozbudowali kościół, a także wznieśli murowany z kamienia ciosanego klasztor. Po gruntownej przebudowie i powiększeniu świątynia utrzymała swój pierwotny charakter gotycki. Stalle w chórze zakonnym wyrzeźbił przy końcu XV w. snycerz bernardyński brat Benedykt. Duże zasługi około rozbudowy kościoła i wzniesienia klasztoru połozył gwardian Hieronim Godek z Sandomierza. Postarali się bernardyni o to, aby klasztor miał charakter obronny, co miało duże znaczenie w owych czasach, gdy zagony tatarskie sięgały niejednokrotnie aż do centrum kraju. Jeszcze dzisiaj można oglądać resztki murów obronnych wraz ze strzelnicami od strony głównego wejścia do kościoła. Przezorność bernardynów bardzo się przydała w 1502r. Tatarzy przekroczyli Wisłę, a niektóre ich watahy dotarły aż w rejon Piotrkowa Trybunalskiego. Wówczas ofiarą niespodziewanego zaskoczenia od strony wroga padło miasto Opatów. Ludność w większości zginęła lub została uprowadzona w jasyr. Jedynie tylko klasztor ocalał dzięki energicznej obronie zakonników, którzy przy pomocy garstki okolicznej szlachty przez 4 dni odpierali skutecznie ataki nieprzyjaciół. W czasie oblężenia odznaczył się zwłaszcza bernardyn Jan, który z wieży kościelnej postrzelił z łuku wodza tatarskiego, a następnie chwyciwszy miecz, wybiegł przed bramę i mężnie potykał się z nacierającym wrogiem. Postrzelony z łuku Tatar wycofał się jeszcze o własnych siłach poza bramę i wkrótce zmarł z odniesionych ran. Tatarzy poniósłszy znaczne straty pod murami klasztoru, rozpoczeli odwrót w stronę Wisły. Tak więc dzięki skutecznej obronie uratowali bernardyni nie tylko własne życie, ale ponadto tych wszystkich, którzy schronili się w obręb murów klasztornych.

W pierwszej połowie XII w. (1621-1622) kościół został częściowo przebudowany. Dano nowe sklepienie, wzniesiono dwie przylegające do nawy świątyni kaplice. św. Anny i św. Franciszka. Prawdopodobnie w tym czasie kościół zatracił swój pierwotny charakter gotycki, przyoblekając się w szatę barokową. Prace nad wystrojem wnętrza przeciągneły się poza połowę XVII w. W 1633 r. bp Tomasz Oborski, sufragan krakowski, konsekrował następujące ołtarze: Męki Pańskiej, Matki Boskiej Niepokalanej, św. Franciszka, św. Anny, św. Marii Magdaleny.
W czasie tzw. potopu (1655-1657) kościół został splądrowany i sprofanowany przez wojska szwedzkie, węgierskie i kozackie. Dlatego też w 1659 r. odbyła się ponowna konsekracja odnowionych ołtarzy przez bpa Mikołaja Oborskiego, sufragana krakowskiego. W XVIII w. dokonano nowych zmian w strukturze kościoła. W czasie częściowej przebudowy (1749-1765) rozebrano dwie boczne kaplice, św. Anny i św. Franciszka. Ołtarz główny wykonał w latach 1770-1775 lwowski architekt i rzeźbiarz Maciej Polejowski, działający równocześnie w ówczesnej kolegiacie sandomierskiej, otrzymał także rokokową, iluzjonistyczną polichromię o tematyce Maryjnej. I w takiej szacie barokowo-rokokowej przetrwał do naszych czasów. Znajdujący się w wielkim ołtarzu obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, pochodzący z XVII w. cieszył się od dawna kultem wiernych, którzy w dowód wdzięczności za otrzymane łaski przynosili wota i zawieszali obok obrazu. Wota te przepadły w okresie, gdy na skutek kasaty, bernardynów w Opatowie nie było. Należy dodać, że święta Matki Boskiej, a zwłaszcza doroczna uroczystość Wniebowzięcia sprowadzały zawsze do świątyni bernardyńskiej dużo wiernych z miasta i okolicy. Wprawdzie obraz jest umieszczony w głębi chóru zakonnnego za wielkim ołtarzem, ale wraz z ołtarzem stanowi całość. Ołtarz w obecnej postaci pochodzi z drugiej połowy XVII w., konsekrowany w 1765 r. przez bpa sufragana przemyskiego Franciszka Krzyżanowskiego.

Podczas grasujących od czasu do czasu epidemii bernardyni opatowscy chętnie śpieszyli do chorych z posługą kapłańską, a często z samarytańską. Swoją gorliwość wielu przypłaciło życiem, podczas zarazy w 1494 r. 16-tu, w 1651 r. 7-miu, w 1652 r. 6-ciu, w 1657 r. 12-tu. Niemal od początku istnienia klasztoru od 1480 aż do 1864 r. znajdowało się w konwencie opatowskim studium zakonne. Jednym z pierwszych wykładowców był tam zamrły w opinii świętości Stanisław Korzyb, przed wstąpieniem do zakonu profesor Akademii Krakowskiej, który wykładał w Opatowie "Decretales" czyli prawo kanoniczne. Należy również wspomnieć o innym lektorze studium opatowskiego Karolu Lizieniewiczu, którego zwłoki przez 200 lat spoczywały nienaruszone w szklanej trumnie w podziemiach kościoła klasztornego. Klasztor opatowski posiadał dość zasobną bibliotekę, liczącą przy końcu XVIII w. ok. 1500 woluminów. Bardzo znaczna część tych zbiorów dostała się za czasów Księstwa Warszawskiego (1810) do bibliotek państwowych, zwłaszcza w Warszawie, bądź z rozporządzenia bpa sandomierskiego Józefa Juszyńskiego przekazana do seminarium duchownego w Sandomierzu. Wśród inkunabułów znajdowały się dwa pochodzące z 1497 r. z notami proweniencyjnymi bł. Władysława z Gieleniowa. W XIX w. klasztor odegrał pewną rolę w ruchach wolnościowych szczególnie w przedstyczniowych manifestach narodowych (1861-2) i w samym powstaniu styczniowym (1863-4). W obu ruchach brał czynny udział, należący w tym czasie do konwentu opatowskiego. O. Innocenty Tygiński, który m.in. 8 stycznia 1863 r. odprawiał uroczyste nabożeństwo patriotyczne z okazji zaprzysiężenia ziemian, chłopów i zarządów gminnych powiatu opatowskiego. W klasztorze leczyli się i przechowywali ranni powstańcy.

W okresie największego rozkwitu klasztoru mieszkało w nim ponad 20 zakonników. Upadek powstania styczniowego był również zmierzchem działalności bernardynów opatowskich. Za sympatię i pomoc dla powstańców konwent uległ kasacie przy końcu 1864 r., a jego mieszkańcy zostali wywiezieni do bernardyńskiego etatowego klasztoru w Paradyżu na wymarcie. Nie pomogła petycja kapituły kolegiaty opatowskiej do carskich władz, aby bernardynów zostawić na miejscu. Przy okazji kapituła kolegiacka wydała pochlebną opinię o życiu i pracy duszpasterskiej bernardynów. Po kasacie władze zaborcze pozwoliły pozostać na miejscu jednemu kapłanowi, by mógł opiekować się kościołem i odprawiać w nim nabożeństwa. Od 1877 r. opiekę nad bernardyńskim kościołem przyjęli księża świeccy. Po pierwszej wojnie światowej mieszkańcy Opatowa starali się o powrót bernardynów do swego dawnego klasztoru. Na razie jednak bez skutku. Dopiero w 1939r. sprawa przybrała realne kształty. Dnia 27 czerwca 1939 r. administrator ap. diecezji sandomierskiej bp Jan Lorek zgodził się na rewindykację opatowskiego kościoła i klasztoru. Objęcie obiektu odbyło się 3 lipca 1939 r. Rozpoczoł się nowy okres w dziejach klasztoru. Kościół, a zwłaszcza budynek klasztorny znajdował się w opłakanym stanie. Zaledwie tylko jedno skrzydło nadawało się do zamieszkania i remontu, reszta leżała w kompletnej ruinie. Od kasaty bowiem nikt budynku nie konserwował. Zaczeły się wielkie prace, mające na celu zabezpieczenie zabytkowej świątyni i resztę dawnego trzyskrzydłowego budynku klasztornego. Zrezygnowano tymczasowo z rekonstrukcji całego dawnego gmachu klasztornego.